Selain Laluan Perdana (UPUOnline), terdapat juga Laluan Kedua untuk kemasukan ke Institusi Pengajian Tinggi Awam (IPTA) di Malaysia.
Laluan ini diwujudkan bagi memberi peluang tambahan kepada pelajar yang tidak berjaya melalui UPUOnline atau ingin memohon terus ke program tertentu yang ditawarkan oleh universiti.
Permohonan: terus ke universiti
Yuran pengajian: tertakluk kepada kadar yuran tanpa subsidi (Full Fee Paying)
Permohonan boleh dibuat melalui portal IPTA yang menawarkan program pengajian yang dibuka pada tempoh tertentu.
Antara senarai universiti yang menawarkan Laluan Kedua:
Universiti Teknologi MARA (UiTM)Universiti Putra Malaysia (UPM)