Struktur pentadbiran Kerajaan Negeri pula tertumpu kepada hal ehwal dalam negeri seperti tanah, agama Islam dan kerajaan tempatan. 

Dasar-dasar negeri dilaksanakan oleh jabatan dan agensi negeri, manakala perkhidmatan awam negeri menguruskan pelaksanaan dasar dan perkhidmatan awam di peringkat daerah dan tempatan.

1. Raja dan Yang di-Pertua Negeri

• Ketua negeri dan simbol kedaulatan
• Negeri beraja: Johor, Kedah, Kelantan, Pahang, Perak, Selangor, Terengganu
• Negeri tidak beraja: Melaka, Pulau Pinang, Sabah, Sarawak (diketuai Yang di-Pertua Negeri dilantik oleh YDPA)
  

2. Majlis Mesyuarat Kerajaan Negeri (EXCO)

• Kuasa eksekutif tertinggi negeri
• Diketuai oleh Menteri Besar (negeri beraja) atau Ketua Menteri (negeri tidak beraja)
• Ahli EXCO dilantik daripada ahli DUN dan bertanggungjawab terhadap pelbagai portfolio kerajaan negeri
  

3. Dewan Undangan Negeri (DUN)

• Meluluskan undang-undang negeri
• Mengandungi ahli-ahli yang dipilih melalui pilihan raya
• Mesti mendapat perkenan Raja/Sultan/Yang di-Pertua Negeri

Jentera Pentadbiran Kerajaan Negeri

• Negeri dibahagikan kepada beberapa daerah, mukim atau bahagian (terutama di Sabah & Sarawak).
• Diterajui oleh Pegawai Daerah atau Residen.
• Pegawai dilantik oleh Suruhanjaya Perkhidmatan Negeri (SPN) atau Perkhidmatan Awam Malaysia.

Jabatan Negeri

• Terbahagi kepada:
• • Jabatan negeri cawangan agensi persekutuan.
  • Jabatan negeri khusus bawah kuasa negeri.
• Bertanggungjawab laksana dasar negeri dalam pelbagai bidang.

Suruhanjaya Negeri

• Menyelia pelantikan dan perkhidmatan awam negeri.
• Negeri tanpa suruhanjaya negeri (seperti Melaka, Pulau Pinang, Perlis dan Negeri Sembilan) menggunakan Suruhanjaya Perkhidmatan Awam Persekutuan.

Perkhidmatan Awam Negeri

• Perkhidmatan awam negeri di Kedah, Johor, Kelantan dan Terengganu meliputi semua jawatan.
• Negeri-negeri selainnya, jawatan-jawatan tadbir diisi oleh Pegawai Tadbir dan Diplomatik (PTD) atau Perkhidmatan Tadbir Am (PTA) yang dipinjamkan oleh kerajaan persekutuan kepada kerajaan negeri.

Pejabat Setiausaha & Kewangan Negeri (Sabah & Sarawak)

• Menyelaras semua jabatan negeri dan agensi persekutuan.
• Fungsi Setiausaha Persekutuan dan Pegawai Kewangan Persekutuan berperanan penting dalam pentadbiran negeri.

Perbadanan Awam Negeri

• Merupakan syarikat milik penuh kerajaan negeri atau anak syarikat negeri.
• Bertindak sebagai entiti korporat yang menyumbang kepada pembangunan ekonomi dan perkhidmatan.